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La iglesia fue reedificada tras un incendio por doña Sancha, esposa de Alfonso II y reina de Aragón, en el siglo XII. De esta época sólo nos queda la portada, construida en un estilo similar a la catedral de Lérida, ya que el templo fue reedificado en el siglo XVI por don Juan de Aragón, levantando una hospedería de peregrinos. En 1730 la iglesia volvió a ser renovada por el obispo Padilla. Fue declarado Monumento Histórico Artístico en 1951.

La iglesia más antigua de Aguilar, levantada sobre una cueva en la que se dice que apareció la Virgen y en la parte exterior de los muros del castillo, ocupa también el solar de otra, llamada de Santa María de la Mota. El edificio actual es de 1530, diseñado por Hernán Ruiz en estilo gótico-mudéjar y construido sobre una plataforma escalonada. En su interior se guarda la imagen de la patrona de la localidad, Nuestra Señora del Soterraño, destacando, desde el punto de vista artístico, la capilla barroca del sagrario y la del Jesús Nazareno.

El origen de esta iglesia debemos buscarlo en un convento de carmelitas descalzas fundado en 1575. La traza del templo se debe a Miguel de Soria en el año 1611, aunque los trabajos no empezaron hasta 20 años después, siendo maestro de obras Mateo de Cortaire, finalizándose en 1638. Construida en ladrillo y sillería, el espacio interior es equilibrado y amplio, característico de una planta de salón con capillas. A lo largo del perímetro interno, junto a las bóvedas, encontramos una galería continua que rompe de esta manera la severidad del entablamento clásico. La iglesia fue incendiada durante la Guerra Civil, sufriendo importantes destrozos. La restauración se realizó en 1950, incluyendo la portada de piedra de los pies, ejecutada en 1715, procedente de la iglesia de San Luis Obispo.

Se trata de un edificio gótico realizado en piedra en dos épocas distintas: en el siglo XII y entre los siglos XVI y XVII. Tiene planta de cruz latina y cabecera poligonal. El primer tramo de la nave, sobre el que se alza la torre, se cubre con bóveda de cañón apuntado, con un fajón que apea en capiteles tallados. Los tres tramos restantes, transepto, crucero y cabecera reciben bóveda de crucería estrellada como sistema de cubierta. En el muro occidental de la torre hay una ventana central gótica con arco apuntado y arquivoltas. En su interior hay tres retablos romanistas -el mayor y los colaterales-, en desigual estado de conservación, debidos al ensamblador Domingo Bidarte y al escultor Domingo de Lussa. La parte decorativa corrió a cargo de Joseph de Equisoain y Raphael de Logroño. El retablo principal consta de banco, cinco calles de dos pisos y ático, en madera policromada. Los relieves se distribuyen en el banco y calles extremas, situándose las tallas en las calles centrales. En el transepto del lado de la epístola el retablo de Bidarte y Lussa (1627) ha perdido su primitiva advocación, de San Bartolomé, sustituida por la de la Virgen de la Soterraña. En el transepto del lado del evangelio hay otro retablo de igual traza y cronología, que estuvo dedicado a San Juan Bautista y hoy lo está a la Virgen del Rosario. Se conserva una talla de gran valor, de la Virgen Santa María de Biurrun con el niño, aunque el niño no es el original porque fue robado hace años; también una imagen preciosa de Jesús en la Cruz.