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Hija natural de Juan Pizarro, medio hermano de Francisco Pizarro, y una Ñusta de nombre desconocido. Recibió en el testamento de su padre 2.000 ducados para su dote matrimonial. Su padre pidió a Hernando Pizarro que velara por ella y le buscara un buen partido. En 1547 vivía en Cuzco con su prima Inés Pizarro; disfrutaban del usufructo de unas encomiendas en Arequipa. Al ser vencido Gonzalo Pizarro, el último de los Pizarro, Don Pedro de La Gasca "el Pacificador" quiso enviar a España a todos los miembros de la familia Pizarro para evitar futuras demandas y problemas en Perú. Medio hermana de Inés Pizarro y prima de Francisca Pizarro Yupanqui y Francisca Pizarro.

Hija de Francisco Pizarro e Inés Huaylas Yupanqui. Tras la muerte de su padre en 1541, su tía Inés Muñoz se hizo cargo de ella. En medio de las guerras civiles del Perú fue retirada a un convento, luego vivió con su hermano Gonzalo en Quito. El Gobernador Vaca de Castro los envió de nuevo al Perú al Valle del Chimú con los curacas de Chanchán y de Conchucos. Luego vivieron en Túmbez, Piura, Trujillo y Lima en casa de su madre y de su padrastro Francisco de Ampuero. Tras la derrota de su tío paterno Don Gonzalo Pizarro, el último de los Pizarro, Pedro de la Gasca notificó al Rey la necesidad imperiosa de que no hubiera en el Perú más Pizarros. Por ello, a mediados de abril de 1551, Francisco de Ampuero la acompañó -su hermano ya había muerto- en su viaje a España. En octubre de 1551 Francisca llegó a Medina del Campo, donde su tío Hernando estaba preso en el Castillo de La Mota. Se casó con él en 1552. Tuvieron tres hijos, Francisco, Juan e Inés. Vivieron juntos en La Mota hasta su liberación el 17 de mayo de 1561 y se trasladaron a La Zarza -hoy Conquista de la Sierra- y luego a Trujillo, ambas localidades en lo que hoy es provincia de Cáceres. En Trujillo hicieron construir el Palacio de la Conquista. Doña Francisca impulsó además la construcción de de la Catedral de Lima (Perú) y el Convento de la Merced de Trujillo (Perú). En su balcón de esquina aparecen los retratos del Marqués y Doña Inés Yupanqui Huaylas, y a la izquierda los de Don Hernando y Doña Francisca Pizarro. Fruto de este matrimonio fue Francisco Pizarro. Viuda en 1578, volvió a casarse el 30 de noviembre de 1581 con Don Pedro Arias Portocarrero, hijo mayor del Conde de Puñoenrostro; no tuvieron hijos.

Se ordenó sacerdote en Roma, donde cursó Derecho Canónico y Filosofía. De regreso a España; se dio a conocer como teólogo y como activista social entre el proletariado barcelonés, al tiempo que enseñaba desde su cátedra de oratoria sagrada. Impulsor de Acción Popular y alto cargó en Acción Católica, fue nombrado obispo de Avila en 1918, impulsando la formación de sindicatos católicos. Obispo de Salamanca, apoyó abiertamente desde el primer momento al bando de los sublevados y colaboró activamente con el naciente franquismo. Arzobispo de Toledo y Primado de España tras la guerra, se cuidó desde entonces de desligar a la Iglesia de toda imagen de colaboración con los totalitarismos, pero en ningún momento regateó su respaldo al régimen imperante. Mantuvo su dedicación a los temas sociales y su preocupación por las organizaciones de apostolado obrero y sus relaciones con el sindicalismo vertical. Falleció en Toledo en 1968.