Virreinato del Perú bajo los Austrias

La estratégica situación de la región panameña le hizo ser objetivo de numerosos ataques piratas, lo que condicionó la economía del territorio. La actividad comercial fue la más importante, dado un papel de nexo de unión con el virreinato de México.

La conquista tardía del Nuevo Reino de Granada no acabó hasta 1550, cuando se creó la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá. En el Reino había gran cantidad de españoles -por lo tardío de su conquista- a los que se unieron otros venidos del Perú (peruleros) que no pudieron obtener encomiendas, ni cargos públicos y que constituyeron una hueste de vagabundos. Durante el siglo XVII, se hizo la guerra contra los indios pijaos, de resultas de la cual pudieron unirse los territorios central y occidental del Reino, y otra contra los carares y yareguíes para despejar la navegación por el río Magdalena. Por la costa atlántica aparecieron los contrabandistas y corsarios ingleses, destruyendo en 1596 Drake las localidades de Riohacha y Santa Marta. Durante la segunda mitad del siglo abundaron los enfrentamientos entre criollos y españoles.

Una constante en la historia del territorio quiteño es su tendencia a la liberación del control político ejercido por el virreinato del Perú, lo que ocasionará frecuentes tensiones. A mediados del siglo XVII, la población quiteña ascendía a unos 580.000 habitantes, divididos en unos 450.000 indígenas, unos 40.000 blancos, unos 60.000 negros, unos 20.000 mestizos y unos 10.000 mulatos. La mayor singularidad de esta población es su enorme número de indígenas. Al parecer, la catástrofe demográfica no tuvo aquí la misma incidencia que en otros lugares de América. El obraje quiteño, a diferencia del mexicano, era rural y se ubicó en los pueblos de indios o en las haciendas. A esto se sumó el cacao producido en la costa (Guayaquil), que se exportó a Nueva España hasta que la Corona prohibió dicho comercio, en 1631, para evitar el drenado de plata mexicana.

La conquista tardía del Perú y la fama de riqueza que pronto acrecentó entre los españoles le hizo ser un territorio densamente poblado por peninsulares, lo que ocasionó serios problemas de gobernación y continuos enfrentamientos entre la administración y los colonos. El virrey don Francisco de Toledo fue el verdadero organizador del Perú colonial.

Charcas fue el gran corazón minero de Suraméríca y lugar de peregrinaje de todos los mitayos, que iban a extraer plata a Potosí o azogue a la cercana Huancavélica. A cambio de la plata llegaban ganados, alimentos, manufacturas costosas y baratas y un sinfín de aventureros. El mayor escándalo ocurrido en la Villa imperial fue el descubrimiento de que en su Casa de Moneda se había acuñado un circulante adulterado con cobre. La divisa potosina se utilizaba en toda Europa y hasta en Oriente, por lo que el pánico tuvo resonancia mundial. La Corona ordenó rebajar el valor de las piezas al 75% de su valor nominal.

Chile adquirió mala fama a raíz de la expedición de Almagro y pudo convertirse en otro territorio maldito sin conquistar pero en 1540 solicitó su conquista Pedro de Valdivia, quien en el valle de Mapocho fundó Santiago el 12 de febrero de 1542.. Una gran rebelión araucana encabezada por el cacique Lautaro logró capturar al conquistador, siendo martirizado hasta morir. La conquista de Chile la completó García Hurtado de Mendoza, aplastando la resistencia del cacique Caupolicán, quien fue también torturado hasta morir. La gran conquista del territorio estaba ya prácticamente hecha, aunque la resistencia indígena de los araucanos duró largos años.

Paraguay fue el primer gran centro de colonización regional. A partir de 1609 los jesuitas empezaron a fundar misiones entre los guaycurúes y guaraníes, alcanzando en 1700 la cifra de 30 establecimientos misioneros. En 1611, el visitador Francisco de Alfaro declaró libres de encomiendas los indios convertidos por los jesuitas y dio sus famosas Ordenanzas. Los indios se asentaron en las reducciones de la Compañía y trabajaron comunitaria e individualmente bajo un régimen teocrático dirigido por dichos religiosos. El Río de la Plata volvió a poblarse por motivos económicos (necesidad de dotar de un puerto a Paraguay y Tucumán).