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Tras el rico período del Renacimiento, durante el cual Europa entró en contacto con la ciencia de la Antigüedad, la primera mitad del siglo XVII es de una importancia capital en la historia del pensamiento científico pues ve nacer una nueva ciencia, moderna, experimental y cuantitativa, que se desarrollará en los siglos siguientes. Los progresos realizados en las matemáticas son importantísimos: nacen o se renuevan el álgebra, la teoría de los números, el cálculo de probabilidades, la geometría proyectiva y el cálculo infinitesimal. Las matemáticas se aplicarán a las diversas ramas de las ciencias físicas: a la dinámica, constituida en ciencia autónoma desde Galileo a Newton; a la mecánica celeste, cuyos principios fundamentales formularon Kepler y Newton con los precedentes copernicanos, y a la óptica. En el campo experimental se produjeron también enormes progresos gracias a la invención de las lentes y del microscopio, al descubrimiento de las leyes de la óptica geométrica y al estudio de fenómenos magnéticos y eléctricos. En medicina se descubre la circulación mayor de la sangre y se desarrolla la anatomía microscópica. Durante el siglo XVII se sustituyó la física de las cualidades por la física cuantitativa, el cosmos jerarquizado y cerrado por un Universo indefinido y el mundo sentido de la percepción inmediata por el mundo pensado del matemático.

Todo eso era nuevo entonces y para descubrirlo era necesario que se produjera una verdadera revolución, mirar el mundo con ojos nuevos. En efecto, estos progresos no se entenderían sin la profunda transformación de las mentalidades y los métodos científicos y sin la participación de investigadores audaces, todos ellos creadores de la ciencia moderna: Kepler, Galileo, Malebranche, Fermat, Leibniz, Newton, Bacon, Harvey, Napier, Pascal, Descartes, Gassendi, Torricelli y otros. El gran mérito de esos científicos fue que descubrieron y establecieron los principios y las bases de la ciencia moderna. En el terreno de los descubrimientos su aportación fue impresionante: las leyes de Kepler, la mecánica de Galileo, el sistema circulatorio de Harvey, la geometría de Descartes, la geología de Stenon, la óptica astronómica de Newton, etc. ¿Cómo se lograron esos resultados? La solución consistía en derrocar la idea de investigación y de ciencia que reinaba desde Aristóteles, atacar directamente su doctrina, sustituir el milagro griego por una nueva forma de contemplar la Naturaleza. La nueva ciencia fue instaurada al margen de la enseñanza oficial. Esto puede apreciarse, en primer lugar, en la diversidad de ocupaciones y en el origen social de los científicos y, en segundo lugar, en las condiciones en que llevaron a cabo su labor científica.

Los críticos de la situación en que se encontraba la enseñanza científica a principios del siglo XVII coinciden en gran medida en el diagnóstico de sus dolencias. El crítico más sistemático fue Francis Bacon. En su obra "Advancement of learning" (1605) y más tarde en su "Novum organum" (1620), así como en el prefacio de la "Instauratio magna" (1620), ofrecía un diagnóstico mediante la interpretación de la historia del movimiento científico. En su opinión, sólo habían existido tres sociedades en las cuales, durante un corto espacio de tiempo, las ciencias progresasen: Grecia, Roma y la Europa de su tiempo. Pero aún en esos períodos favorables los avances habían sido vacilantes. Propugnaba como método de investigación una indagación de la naturaleza de tipo experimental. El fracaso de las ciencias teóricas para acrecentar sus conocimientos mediante la investigación lo comparaba Bacon al fracaso del sistema universitario de su época. Científicos como Descartes y Torricelli urgían, por su parte, a que se procediese a una mayor extensión de los estudios científicos en las universidades y a una mayor dotación económica a los investigadores. Sin embargo, y pese a los críticos del sistema educativo universitario, los grandes hombres de ciencia fueron, sin excepción, graduados universitarios. Fueron las instituciones educativas tradicionales las que formaban a los hombres. De los estudios obligatorios de la lógica de Aristóteles y su física aprendieron los elementos de un sistema teórico científico, adquirieron una experiencia técnica y desembocaron en una nueva filosofía.

Si es verdad que los graduados universitarios adquirieron una formación técnica fuera de la universidad, fue la formación universitaria recibida la que les hizo comprender la importancia de crear no sólo una tecnología científica, sino una nueva filosofía experimental. La ciencia teórica mantenía aún su estructura tradicional en el "quadrivium" (aritmética, música, geometría y astronomía) para formar a la juventud en la virtud por medio de las humanidades, que se enriquecían con algo de óptica. Se estudiaba también medicina y física. La enseñanza tradicional de estos contenidos se reducía a la lectura y comentario de las obras de Euclides, Tolomeo, Aristóteles, Galeno y, cuando las circunstancias eran propicias, de autores más recientes. En 1650 ninguna universidad se había reorganizado conforme a los deseos de los innovadores. Las aportaciones oficiales se redujeron a la creación de nuevas cátedras y de algún material (físico, astronómico o botánico).

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