Hijo y sucesor de don Duarte, casó en primeras nupcias con Isabel, la hija de su tío y tutor el infante don Pedro. Sus intereses en Castilla, donde tras el fallecimiento de
Enrique IV y la autoproclamación de
Isabel como reina la situación era bastante complicada, le llevaron a casarse con su joven prima
Juana, llamada la Beltraneja, aspirante al trono castellano apoyada por una buena parte de la nobleza. Las primeras victorias en la guerra de sucesión fueron para el bando portugués hasta que sufrió una contundente derrota en Toro a manos de las fuerzas del rey
Fernando. La firma de los tratados de Alcaçovas pusieron fin al conflicto y consolidaron a Isabel como reina castellana.
Alfonso V recibió el nombre de "El Africano" al patrocinar varias
expediciones a África en las que se descubrieron las islas de Cabo Verde y Guinea.